食物疗法和药物疗法有很大的不同。食物治病最显着的特点之一，就是“有病治病，无病强身”，对人体基本上无毒副作用。也就是说，利用食物（谷肉果菜）性味方面的偏颇特性，能够有针对性地用于某些病证的治疗或辅助治疗，调整阴阳，使之趋于平衡，有助于疾病的治疗和身心的康复。但食物毕竟是食物，它含有人体必需的各种营养物质，主要在于弥补阴阳气血的不断消耗。因此，即便是辨证不准确，食物也不会给人体带来太大的危害。正如名医张锡纯在《医学衷中参西录》中所说“食疗病人服之，不但疗病，并可充饥，不但充饥，更可适口，用之对症，病自渐愈，即不对症，亦无他患”。因此，食物疗法适应范围较广泛，主要针对亚健康人群，其次才是患者，作为药物或其他治疗措施的辅助手段，随着日常饮食生活自然地被接受。
药物疗法主要使用药物，药物性质刚烈，自古有“毒药”之称，主要是为治病而设，因此药物疗法适应范围较局限，主要针对患者，是治疗疾病和预防疾病的重要手段。如若随便施药，虚证用泻药，实证用补药，或热证用温性的药物，寒证用寒凉性质的药物，不仅不能治疗疾病，反而会使原有的病情加重，甚至恶化。因此用药必须十分审慎。
食物疗法寓治于食，不仅能达到保健强身、防治疾病的目的，而且还能给人感官上、精神上的享受，使人在享受食物美味之中，不知不觉达到防病治病之目的。这种自然疗法与服用苦口的药物相比迥然不同，它不像药物那样易于使人厌服而难以坚持，人们容易接受，可长期运用，对于慢性疾病的调理治疗尤为适宜。
此外，食疗用品在剂型、剂量上不像药物那样有严格的规定，不能随意更换，它可以根据患者的口味习惯进行不同的烹调加工，使之味美色艳，寓治疗于营养和美味之中。
当然，由于食物疗法和药物疗法各有偏长，故在防病治病的过程中二者都是不可缺少的，应利用其所长，运用于不同的疾病或疾病的不同阶段，食物疗法与药物疗法相互配合，相互协同，相得益彰。
