北京中医药大学创建于1956年，是中华人民共和国最早成立的高等中医院校之一，是唯一一所进入国家“211工程”建设的高等中医药院校。
北京中医药大学现设有基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、中药学院、针灸学院、管理学院、护理学院、人文学院、国际学院、继续教育学院、远程教育学院、台港澳中医学部、高职部、体育部、信息中心等教学机构。
北京中医药大学致力于构建面向新世纪的以高层次教育为主的人才培养体系，目前设有中医学、中药学、制药工程学、针灸推拿学、公共事业管理学、工商管理学、护理学、英语（医学）、法学（医药卫生）9个本科专业。其中中医学七年制含中医科研方向、中医临床方向、中医骨伤方向、中西医结合方向、中药方向、针灸推拿方向、针推康复方向、针推对外交流方向、医院管理方向等9个培养方向班，分别与南开大学、清华大学、北京师范大学、对外经济贸易大学和中日友好医院等单位联合培养。
目前，北京中医药大学全日制在校生总计10581人，其中本科生6614人（大陆学生4956人，台港澳学生317人，留学生1341人），专科生1406人(高职1138人，护理专业268人)，硕士生1992人，博士生569人。
北京中医药大学是全国中医药院校中首批建立博士学科点和博士后科研流动站的单位之一，中医学、中药学、中西医结合医学3个一级学科均具有博士学位授予权，并均设有博士后科研工作流动站。北京中医药大学现有一级学科国家重点学科2个，涵盖二级学科国家重点学科14个，部局级重点学科10个，北京市重点学科3个，重点学科建设在全国中医药院校中保持领先地位。
北京中医药大学现有教育部重点实验室１个，北京市重点实验室2个，国家中医药管理局重点研究室2个，国家中医药管理局三级（最高级）实验室9个。北京中医药大学是国家理科基础科学研究和教学人才培养基地、国家生命科学与技术人才培养基地、中药制药与新药开发关键技术工程中心、中医药现代化网上合作研究中心、中药材规范化生产工程中心、国家大学科技园（与北京师范大学共建）、教育部科技创新团队。
创办于1958年的附属东直门医院是北京中医药大学临床教学及医疗、科研基地。经过半个世纪的艰苦创业，已发展成为一所医教研力量雄厚、科室齐全、设备完善、综合服务能力强并具有中医专科专病特色的综合性三级甲等医院。附属东方医院已建设成环境优美、布局合理、设备先进、人才优化、管理科学、医疗水平一流、中医特色突出、具有综合服务功能的国家级现代化的综合性中医医院。2006年，北京冶金医院正式划转北京中医药大学，成为北京中医药大学第三附属医院。
建于1958年的药厂拥有雄厚的技术力量、齐全的生产设备和先进的工艺技术，现已通过小容量注射液GMP认证。其拳头产品“清开灵注射液”连续三次被审定为全国中医医院急诊首选必备中成药。
建校50多年来，北京中医药大学以继承和发扬祖国医学为己任，已为国家培养了30000余名高级中医药专业人才，为世界87个国家和地区培养了13000余名中医药专门人才；近年来，先后与20个国家和地区建立了43个合作项目，与境外45所知名大学建立了良好的学术联系。
北京中医药大学主办有国家一级学术期刊《北京中医药大学学报》、《北京中医药大学学报（中医临床版）》和《中医教育》杂志，是中医药学术交流的重要园地。
